Státnicové okruhy: Biofyzika, chemická fyzika, teorie molekulárních systémů

Z ωικι.matfyz.cz
Verze z 10. 12. 2013, 02:07, kterou vytvořil Martas (diskuse | příspěvky) (Pokročilá kvantová mechanika)

(rozdíl) ← Starší verze | zobrazit aktuální verzi (rozdíl) | Novější verze → (rozdíl)
Přejít na: navigace, hledání

Jádro této stránky představují státnicové okruhy vypracované studenty Biofyziky, kteří státnicovali na jaře 2013.
Disclaimer: okruhy mají kolísající kvalitu (míru podrobnosti, souvislosti s realitou atd.)
Stáhnout najednou většinu Společných požadavků a Biofyziky: [1]

Společné požadavky[editovat | editovat zdroj]

Pokročilá kvantová mechanika[editovat | editovat zdroj]

Kvantová teorie molekul[editovat | editovat zdroj]

  • Typy vazeb
  • Bornova–Oppenheimerova a adiabatická aproximace [23]
  • Vibrační a rotační spektra molekul [24]
  • Atomové a molekulové orbitaly [25]
  • Metoda LCAO a metoda valenčních vazeb [26]
  • Klasifikace elektronových hladin [27]
  • Hückelova metoda [28]
  • Hartreeho a Hartreeho–Fockovy rovnice [29]
  • Roothaanovy rovnice [30]
  • Metoda konfigurační interakce [31]
  • Korelační energie [32]
  • Přehled ab initio a semiempirických metod (formát docx [33] a pdf [34])
  • Slabé mezimolekulové interakce

Termodynamika a statistická fyzika molekulárních soustav[editovat | editovat zdroj]

  • Termodynamická rovnováha [35], stavové veličiny [36], hlavní termodynamické věty a jejich důsledky [37]
  • Termodynamické potenciály, podmínky rovnováhy a stability, fázové přechody [38]
  • Popis nerovnovážných procesů [39]
  • Statistický popis stavu, distribuční funkce a matice hustoty [40]
  • Liouvilleova rovnice [41]
  • Gibbsovy stacionární soubory, souborové středování, stavová suma
  • Klasické a kvantové systémy neinteragujících částic, ideální plyny [42]
  • Pauliho kinetická rovnice, zobecněná kinetická rovnice [43]

Základy molekulární fyziky[editovat | editovat zdroj]

Užší zaměření[editovat | editovat zdroj]

Student si volí okruh otázek odpovídající jeho zaměření.

Biofyzika[editovat | editovat zdroj]

Experimentální metody v biofyzice[editovat | editovat zdroj]

  • Difrakce rentgenového záření, elektronů a neutronů + Principy základních difrakčních metod + Symetrie a struktura krystalů a jejich určení z difrakčního obrazu ( výcuc Miloš [46], 1. přednáška Pospíšil [47], 6. přednáška Pospíšil [48], 7. přednáška Pospíšil [49], skripta Baumruk - Teorie grup a molekulové vibrace [50])



  • Gyromagnetická částice, jev magnetické rezonance [58]
  • Elektrické a magnetické momenty atomových jader, energie v elektrickém a magnetickém poli + Jaderný paramagnetismus, relaxační procesy (cástečně [59])
  • NMR spektroskopie vysokého rozlišení v kapalné a pevné fázi – spinový hamiltonián, typy interakci, projevy ve spektrech [60]
  • Dekapling, koherentní transfer polarizace, nukleární Overhauserův jev [61]
  • Jednodimenzionální a dvoudimenzionální pulzní NMR – koncepce, základní pulzní sekvence [62]
  • Zobrazování MR – principy, typy obrazů [63]
  • ESR, spinový hamiltonián a spektra [64]

Biochemie a molekulární biofyzika[editovat | editovat zdroj]

  • Složení a struktura základních biomolekul (nukleové kyseliny, proteiny, sacharidy) [65]
  • Termodynamika fosfátových sloučenin [66]
  • Metabolizmus cukrů: Glykolýza a glykolytické reakce [67]
  • Kvašení - anaerobní odbourávání cukrů [68]
  • Pentozový cyklus [69]
  • Glukoneogeneze a Coriho cyklus [70]
  • Aerobní odbourávání cukrů (+ oxid. fosforylace, transport elektronů v dýchacím řetězci, syntéza ATP) (formát docx [71] a pdf [72])
  • Vznik acetylkoenzymu A [73]
  • Citrátový cyklus a jeho amfibolická povaha
  • Termodynamika přenosu elektronů - redoxní potenciály
  • Transport elektronů v dýchacím řetězci: viz Aerobní odbourávání cukrů
  • Oxidativní fosforylace - syntéza ATP: viz Aerobní odbourávání cukrů
  • Fotosyntéza (+ "dýchání a fotosyntéza, antény a reakční centra") [74]
  • Biologické membrány, selektivní permeabilita biologických membrán, typy transportu biologickou membránou ( [75], transport membránou podrobněji: [76])



Chemická fyzika[editovat | editovat zdroj]

Experimentální metody[editovat | editovat zdroj]

Difrakce rentgenového a synchrotronového záření, elektronů a neutronů. Principy základních difrakčních metod. Symetrie a struktura krystalů a jejich určení z difrakčního obrazu. Elektronová mikroskopie. Magnetická rezonance. Princip spektrometru. Spektra NMR organických látek. EPR volných radikálů. Teoretické základy a technika optické spektroskopie. Mnohoatomová molekula, rotační, vibrační a elektronové stavy molekul. Měření absorpčních spekter. Vibrační absorpční spektroskopie a chiroptické metody. Rozptyl elastický, kvazielastický, Ramanův. Metody emisní spektroskopie. Přechody v mnohaelektronových molekulách. Kinetika luminiscence a kvantový výtěžek. Polarizovaná luminiscence. Vliv mezimolekulárních interakcí na parametry luminiscence. Teoretická interpretace optických spekter.

Struktura kondenzovaných soustav a spektroskopické metody[editovat | editovat zdroj]

Struktura a symetrie molekul, biopolymerů, nadmolekulárních struktur a pevných látek. Určování struktur molekul a pevných látek. Kinetika chemických reakcí, katalýza. Laserové spektroskopické metody. Časově rozlišená optická spektroskopie. Ozónová díra a singletní kyslík.

Teorie molekulárních systémů[editovat | editovat zdroj]

Molekulární simulace v chemické fyzice[editovat | editovat zdroj]

Molekulární mechanika a dynamika. Empirická silová pole. Strategie modelování supramolekulárních systémů a krystalů a predikce jejich fyzikálních, chemických a biologických vlastností. Aplikace v materiálovém výzkumu. Porovnání modelů s experimentem.

Ab initio výpočty v chemii a biochemii[editovat | editovat zdroj]

Metody výpočtu korelačních energií: konfigurační interakce, vázané klastry, poruchová teorie. Aplikace na biochemické systémy a slabé mezimolekulové interakce. Klasická a kvantová molekulová dynamika. Symetrie molekul.

Základy molekulární spektroskopie[editovat | editovat zdroj]

Přehled hlavních spektroskopických metod. Elektronová spektroskopie organických molekul. Vlastnosti a deaktivace excitovaných stavů. Teoretická interpretace experimentálních výsledků.